Tomé de Sousa, assim como o rei de Portugal, interessava-se em povoar as terras brasileiras e, acima disso, estreitar cada vez mais o relacionamento entre brancos portugueses e os índios. Por isso, nem ele nem o ouvidor-mor se importavam com as liberdades que os portugueses se davam folgando com as mulheres da terra, ainda que fossem casados em Portugal. Não foram poucos os protestos do padre Manuel da Nóbrega contra essa situação, mas foram surdos os ouvidos dos governantes. No entanto, o conflito entre os jesuítas e os governantes portugueses foi se tornando cada vez mais acirrados e constantes.
Coube a Tomé de Sousa criar o bispado, em Salvador, o primeiro do Brasil. O então Papa Júlio III nomeou D. Pêro Fernandes Sardinha, o primeiro bispo, e este chegou ao Brasil em 1552.
No entanto, o mandato de D. Pêro Sardinha foi curto, durou até 1556. Acontece que nesta época Tomé de Sousa foi substituído por Duarte da Costa e o bispo desentendeu-se com o filho do novo governador. Por conta da briga, o bispo foi chamado a Portugal, no entanto o navio em que viajava naufragou em águas alagoanas. Os tripulantes da embarcação, entre eles o religioso, conseguiram alcançar terra firme, mas eles foram mortos e comidos pelos índios caetés.